真核生物の多様化は、当然のことながら「真核生物を食べる真核生物」を登場させた。 したがって、真核生物と真正細菌との時と同様に、真核生物どうしの細胞内共生の進化 もうながされた。その結果、ミトコンドリアや葉緑体として真正細菌を共生させた光合成 真核生物をさらに共生させた二次共生生物が誕生した （クロミスタ界）。
また、この頃、細胞の大型化とは別の方法で大型化を計ったグループがいた。それらは やがて動物・菌類・植物界という多細胞生物の世界を誕生させた。

解説：

Basal Eukaryotes？		ミトコンドリア	鞭毛	葉緑体
アーケゾア上界 　ミトコンドリアを 　持たない真核生物	Pelobionta（カリオブラステア）	-	-	-
	微胞子虫	-	-	-
	Naegleria（ネグレリア；ナエグレリア）	-	+	-
	Diplomonadida（ディプロモナス）	-	+	-
メタゾア上界の一部	細胞性粘菌	+	-	-
	変形菌	+	+	-
	Kinetoplastida（キネトプラスト）	+	+	-
	Parabasalia（パラベイサル）	-	+	-
	Euglenida（ユーグレナ）	+	+	+

メタゾア上界（一次共生のみ）
光合成細菌を共生させた群	灰色植物	藍色細菌が共生？
	紅藻植物	クロロフィルa, フィコビリン類
	緑藻植物
肉質虫の仲間	有軸仮足虫	放散虫と太陽虫
	アメーバ（変形虫）	ペロミクサ、ネグレリア以外のアメーバ類
	殻性葉状根足虫
	糸状根足虫
	顆粒状根足虫 　（有孔虫など）
鞭毛虫の仲間	襟鞭毛虫
	オパリナ

メタゾア上界（二次共生で生じた新グループ）			クロロフィル	共生体
クロミスタ界　Chromista	クリプト植物		a, c	紅藻類？
	ハプト植物 (プリムネシウム)		a, c
	不等毛植物	黄金色植物	a, c
		ラフィド藻	a, c
		褐藻植物
		珪藻植物
		黄緑藻植物	a
		真正眼点藻植物
	菌類の仲間	ラビリンツラ
		卵　菌
		サカゲツボカビ