クロミスタとは、鞭毛の側部に管状の小毛（mastigoneme）をもち、葉緑体が２枚の葉緑体膜 （chloroplast envelope）の外側にさらに２枚の膜があって、合計４枚の膜に包まれることを特徴 とする生物群をいう。T. Cavalier-Smithが創設した。
葉緑体をもつ他の真核生物が別の真核生物に内部共生したものと考えられる。
Cavalier-Smithは、クロミスタ界をクリプト藻類、 不等毛類*、 ハプト藻類からなるとし、 不等毛類*の中に、原生動物的原生生物の Bicosoecia、 植物的原生生物の ラフィド藻、 黄金色藻、 珪藻、 褐藻、 黄緑藻（異形鞭毛虫）、 真正眼点藻とともに、菌類の ラビリンチュラ（ラビリンツラ）、 卵菌、 サカゲツボカビを含めた。 （岩波「生物学辞典」より）Hausmann & Hülsmann 「Protozoology」（1996）では、この他に上記のように プロテロモナス・ オパリナ・ ビコソエカ（いずれも動物性鞭毛虫）、 ネコブカビ（肉質虫/根足類/動菌類）、 ラビリンチュラもクロミスタの中に含めている。
なお、 不等毛植物（黄色植物）は分子系統学的に単系統と 考えられるため、これらをまとめてストラメノパイル（stramenopiles）と呼ぶ（Patterson 1989）。
Metakaryota上門
クロミスタ門 Chromista Cavalier-Smith, 1987
（Hausman & Hülsmann「Protozoology」2nd ed.）
Subdivisions
| ＊クリプト植物 Cryptophyta
（カゲヒゲムシ） |
クリプトモナス目 Cryptomonadales
＝カゲヒゲムシ目 Cryptomonadida | |
| ＊ハプト植物 Haptophyta
（プリムネシウム植物 Prymnesiophyta） （プリムネシウム） 500種 |
イソクリシス目 Isochrysidales | |
| コッコスファエラ目 Coccosphaerales | ||
| プリムネシウム目 Prymnesiales | ||
| パブロバ目 Pavlovales | ||
| ＊黄金色植物
Chrysophyta / Chrosophyceae
ヒカリモ（黄色鞭毛虫類） Chrysomonadida |
オクロモナス目 Ochromonadales
Bicosoeca, Chromulina (ヒカリモ/コガネイロヒゲムシ), Ochromonas (ハダカヒゲムシ) | |
| クリソアメーバ目 Chrysamoebales
Chrysamoeba | ||
| クリソカプサ目 Chrysocapsales | ||
| マルロモナス目Mallomonadales（シヌラ目 Synurales) | ||
| クリソスファエラ目 Chrysosphaerales | ||
| サルキノクリシス目 Sarcinochrysidales | ||
| フェオタムニオン目 Phaeothamniales | ||
| ペディネルラ目 Pedinellales | ||
| ディクチオカ目 Dictyochales （硅質鞭毛藻目 Silicoflagellata） | ||
| パルマ目 Parmales | ||
| ＊ラフィド藻 Raphidophyceae
（緑色鞭毛藻 Chloromonadophyceae） ラフィドモナス Raphidomonadida |
ラフィドモナス目 Raphidomonadales
Chattonella, Olisthodiscus, Heterosigma (アカシオモ) | |
| 褐藻植物
Phaeophyceae (Fucophyceae, Melanophyceae) 1500種 コンブ、ヒバマタ |
シオミドロ目 Ectocarpales
Ecotocarpus (シオミドロ) | |
| イソガワラ目 Ralfsiales | ||
| ナガマツモ目 Chordariales
Acrothrix (ニセモヅク), Nemacystis (モヅク), Sphaerotrichia (イシモヅク) | ||
| カヤモノリ目 Scytosiphonales | ||
| ウイキョウモ目 Dictyosiphonales | ||
| ムチモ目 Cutleriales
Cutleria (ムチモ) | ||
| クロガシラ目 Sphacelariales | ||
| ウルシグサ目 Desmarestiales | ||
| ケヤリ目 Sporochnales | ||
| コンブ目 Laminariales
Kjellmaniella (トロロコンブ), Laminaria (コンブ), Undaria (ワカメ) | ||
| シリンゴデルマ目 Syringodermatales | ||
| アミジグサ目 Dictyotales
Dictyota (アミジグサ), Padina (ウミウチワ), Zonaria (シマオウギ) | ||
| ヒバマタ目 Fucales
Fucus (ヒバマタ), Sargassum (ホンダワラ), Hizikia (ヒジキ) | ||
| 珪藻植物
Bacillariophyceae (Diatomphyceae) >10000種 |
中心目 Centrales
Actinoptychus (カザグルマケイソウ) | |
| 羽状目 Pennales | 無縦溝亜目 Araphidineae
Asterionella (ホシガタケイソウ) | |
| 有縦溝亜目 Raphidineae
Achnanthes (ツメケイソウ) | ||
| 黄緑藻植物
Xanthophyceae (Tribophyceae) |
クロロアメーバ目 Chloramoebales | |
| リゾクロリス目 Rhizochloridales | ||
| ヘテログロエア目 Heterogloeales | ||
| ミスココックス目 Mischococcales | ||
| トリボネマ目 Tribonematales | ||
| フウセンモ目 Botrydiales | ||
| フシナシミドロ目 Vaucheriales
Pseudodichotomosiphon (クビレミドロ), Vaucheria (フシナシミドロ) | ||
| 真正眼点藻植物
Eustigmatophyceae |
ユースチグマトス目 Eustigmatales
Eustigmatos, Vischeria | |
| ラビリンツラ Labyrinthulamycota
35種 |
ラビリンツラ目 Labyrinthulales | |
| ヤブレツボカビ目 Thraustochytriales | ||
| 卵 菌 Oomycota
580種 |
ミゾキチオプシス目 Myzocytiopsidales | |
| フクロカビモドキ目 Olpidiopsidales | ||
| ミズカビ目 Saprolegniales
Achlya (ワタカビ), Saprolegnia (ミズカビ) | ||
| フシミズカビ目 Leptomitales | ||
| ツユカビ目 Peronosporales
Albugo (シロサビキン), Peronospora (ツユカビ) | ||
| フハイカビ目 Pythiales
Pythium (フハイカビ) | ||
| オオギミズカビ目 Rhipidiales
Rhipidium (オオギミズカビ) | ||
| サカゲツボカビ Hyphochytrimycota
15種 |
サカゲツボカビ目 Hyphochytriales
Rhizidiomyces (サカゲカビ) | |
References