ミトコンドリア、葉緑体についで（もしくは相前後して）、運動性の高いスピロヘータなどの細菌を 内部共生させるものが現れた。これらの共生が複数の系統で独立して起きたか否かは不明だが、今日 においても、その途上にあると思われる生物（ トリコニンファなど）がいることから、今日まで複数 の系統が生き残っているかは別として、共生が複数の系統で起きたことはほぼまちがいないだろう。
このスピロヘータ様の細菌は、やがて、鞭毛・繊毛・細胞分裂装置などの重要な細胞運動 性の器官へと進化する。
好気性細菌、光合成細菌、そして運動性細菌の共生によって、真核生物界は、それらの様々な組み合わせ からなる多様な生物群を産み出した（この頃登場し、後の真核生物のさらなる多様化 の祖先となったものを Basal Eukaryotesと呼ぶ）。 （なお、ユーグレナ類 （Euglenophyta）はすでに次の段階の二次共生、すなわち、真核生物どうしの細胞内共生の結果 生じたものと思われる）

解説：

Basal Eukaryotes？		ミトコンドリア	鞭毛	葉緑体
アーケゾア上界 　ミトコンドリアを 　持たない真核生物	Pelobionta（カリオブラステア）	-	-	-
	微胞子虫	-	-	-
	Naegleria（ネグレリア；ナエグレリア）	-	+	-
	Diplomonadida（ディプロモナス）	-	+	-
メタゾア上界の一部	細胞性粘菌	+	-	-
	変形菌	+	+	-
	Kinetoplastida（キネトプラスト）	+	+	-
	Parabasalia（パラベイサル）	-	+	-
	Euglenida（ユーグレナ）	+	+	+

メタゾア上界（一次共生のみ）
光合成細菌を共生させた群	灰色植物	藍色細菌が共生？
	紅藻植物	クロロフィルa, フィコビリン類
	緑藻植物
肉質虫の仲間	有軸仮足虫	放散虫と太陽虫
	アメーバ（変形虫）	ペロミクサ、ネグレリア以外のアメーバ類
	殻性葉状根足虫
	糸状根足虫
	顆粒状根足虫 　（有孔虫など）
鞭毛虫の仲間	襟鞭毛虫
	オパリナ