 
基本的には2本ずつの鞭毛をもったユニットが2つあり、計4本の鞭毛(もしくはそれが重複している)をもつグループ。 しかし、変異に富んでいるので、かならずしも単系統であるとはいえないかも知れない。
鞭毛虫界 Mastigota
  双鞭毛虫亜界  Dimastigota Hülsmann &  Hausmann, 1994
    Tetramastigota上門 Tetramastigota Hülsmann &  Hausmann, 1994
    (Hausmann &  Hülsmann「Protozoology」2nd ed.)
Subdivisions
| レトルタモナス門 | |||
| レトルタモナス綱 | Retortamonadidae科 | キロマスティクス属(Chilomastix), ハラヒゲムシ属(Retortamonas;レトルタモナス) | |
| Cochlosomidae科 | Cochlosoma | ||
| ディプロモナス綱 | エンテロモナス目 Enteromonadida エンテロモナス科 Enteromonadidae | Caviomonas, Enteromonas, Trimitus | |
| ディプロモナス目 Diplomonadea Hexamitidae科 | ヘキサミタ属(Hexamita), トレポモナス属(Trepomonas), Trigonomonas, ヤツヒゲハラムシ属(Giardia;ランブル鞭毛虫), Octomitus, Spironucleus | ||
| Axostylata門 | |||
| オキシモナス綱 | Polymastigidae科 | Monocercomonoides, Polymastix | |
| ピルソニンファ科 Pyrsonymphidae | ピルソニンファ属 Pyrsonympha, Streblomastix, Dinenympha (?) | ||
| オキシモナス科 Oxymonas | オキシモナス属(Oxymonas), Sauromonas, 
		サクシノバクルス属(Saccinobaculus), Notila, Barroella, 
		Microrhopalodina (= Proboscidiella) | ||
| パラベイサル綱 | トリコモナス目 | モノセルコモナス科 Monoceromonadidae | Monocercomonas, Tricercomitus, Histomonas, Dientamoeba, Hexamastix, Chilomitus, Hypotrichomonas | 
| トリコモナス科 Trichomonadidae | ハトホネマクムシ属(Trichomonas;トリコモナス), Trichomitus, Tetratrichomonas, Pentatrichomomas, Tritrichomonas, Trichomitopsis, Pseudotrypanosoma, Pentatrihomonoides | ||
| デベスコビナ科 Devescovinidae | Devescovina, Foaina, Gigantomonas | ||
| カロニンファ科 Calonymphidae | Kirbynia, Coronympha, Metacoronympha, Calonympha, Stephanonympha (?), Snyderella (?) | ||
| ケカムリ目 (超鞭毛虫) | Joeniidae科 | Joenia, Joenopsis, Joenoides, Neotermes | |
| Lophomonadidae科 | Lophomonas | ||
| Rhizonymphidae科 | Rhyzonympha | ||
| Hoplonymphidae科 | Balbulanympha, Rhynchonympha, Urinympha, Hoplonympha | ||
| Staurojoeninidae科 | Staurojoenina | ||
| ケカムリ科 Trichonymphidae | ケカムリ属(Trichonympha;トリコニンファ), Koruga, Deltotrichonympha | ||
| Eucomonymphidae科 | Eucomonympha | ||
| Tetratonymphidae科 | ナガケカムリ属 Teratonympha | ||
| Spirotrichosomidae科 | Spirotrichosoma, Macrospironympha, Leptospironympha | ||
| Spirotrichonymphidae科 | Spirotrichonympha | ||
| Holomastigotoididae科 | Holomastigotoides, Spirotrichonymphella | ||
References